يهتم المركز بالمشاريع العلمية التي تخدم جميع ما يخص البحر الأحمر وغرب المملكة العربية السعودية في إطار تحقيق أهداف المركز ومن أهم المشاريع الحالية:
• (مشروع خارطة جدة التاريخية 1800 – 1938م) ويتكون المشروع إلى ثلاثة مراحل هي:
المرحلة الأولى: تصميم وإنشاء قاعدة بيانات تجمع بين البيانات المكانية والتاريخية وقد تم بحمد الله وتوفيقه الانتهاء من هذه المرحلة.
المرحلة الثانية: عمل خرائط ثلاثية الأبعاد لمدية جدة التاريخية مع معلومات المواقع والبيوت فيها.
المرحلة الثالثة: تصميم وإنتاج موقع الكتروني يحمل شعار الدارة(المركز) ويحتوي على المعلومات التاريخية لمدينة جدة التاريخية مضاف اليه خرائط تفاعلية ديناميكية وتاريخية يمكن تصفحه عن طريق الشبكة العنكبوتية من أي مكان.
• (المشروع الدولي لتوثيق وترجمة المصادر البرتغالية، الفرنسية، الألمانية المتعلقة بالجزيرة العربية والبحر الأحمر والخليج العربي وخليج عدن) وهو مقسم إلى مراحل تم البدء في المرحلة الأولى: وأطلق عليها (المشروع الاستطلاعي حول البرتغاليون وشبه الجزيرة العربية) وما يزال العمل جارياً به وبمجرد الانتهاء منه سيتم الانتقال إلى المرحل المتبقية من المشروع.
